Los documentos constitutivos de este Fondo, en virtud de la Pragmática de 1503, fueron custodiados por los escribanos que los produjeron y por sus sucesores en cada escribanía. A partir de 1765, fecha en que Carlos III crea el Archivo de Escrituras Públicas de Madrid, la responsabilidad de su custodia perteneció al Estado. Por Real Orden de 3 de noviembre de 1842 estos documentos pasan a ser propiedad del Ayuntamiento de Madrid, encargado asimismo de su custodia hasta 1870, en que esta responsabilidad es traspasada a los notarios. En virtud del Decreto de 12 de noviembre de 1931 la propiedad y custodia sobre estos documentos corresponde al Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes, que, con sus distintas denominaciones, la ejerce hasta la creación del Ministerio de Cultura en 1977. En la actualidad, aunque mantienen la titularidad estatal, la gestión corresponde a la Comunidad de Madrid, a la que fue transferida por Real Decreto de 19 de abril de 1985. La inauguración oficial, en 1933, del Archivo Histórico de Protocolos de Madrid, supuso el inicio de la tarea de organización de este Fondo, que fue finalizada al término de la Guerra Civil por los archiveros del momento.